关于生物分子研究与先进计算中心(BioRACC)

生物分子研究与高级计算中心(BioRACC)是一个采用高性能计算的计算科学实验室中心, 应用数学, 和领域科学共同发展, adapt, 并优化先进的可扩展算法来解决生物研究领域的问题. 在中心, 我们使用组合计算工具和实验技术来评估生物靶点(微生物或人体大分子)与药物/小分子之间的分子相互作用. For example, 计算评估SARS-CoV-2蛋白与人类前病毒蛋白(如受体)之间的分子相互作用以及突变对这些相互作用的影响. In addition, 本中心在人工智能(AI)驱动的计算机辅助药物发现和开发领域开展多学科基础研究. 该中心提供分子动力学模拟包, 比如AMBER, GROMACS和VMD，包括用于药物发现的分子可视化设施.

 概述-计算

BioRACC集群
和服务器

BioRACC计算实验室
  • 集群名称:TSU-BioRACC
  • Cluster Manager: Bright Cluster Manager
  • 调度程序:SLURM
  • 计算的细节:
    • 1 Head Node
    • 15个双插槽计算节点(480核)
      • 计算节点内安装15个gpu
  • 地点:德克萨斯州休斯顿

 

TSU-BioRACC高性能计算
  • 高通量虚拟药物筛选
  • 分子动力学模拟(MDS)
  • MDS突变分析
  • 下一代测序(NGS)数据分析
  • 深度学习模型训练(e.g图像分类、生物活性、溶解度模型)
  • 并行计算和自动化数据分析管道
  出版物
  1. Onyenaka C, Idowu KA, Ha NP, Graviss EA, Olaleye OA. OJT008对活性和多重耐药结核分枝杆菌的抗结核潜力:体外和蛋氨酸氨基肽酶的抑制作用. 生物医学杂志. 2023 12月5日;24(24):17142. doi: 10.3390 / ijms242417142. PMID: 38138972; PMCID: PMC10742973.
  2. Kehinde A. Idowu, Collins Onyenaka和Omonike A. Olaleye (2022). SARS-CoV-2刺突蛋白和hACE2相互作用的组粒和δ突变结构稳定性的计算评估. 医学信息学——解锁. http://doi.org/10.1016/j.imu.2022.101074.
  3. Idowu A. Kehinde, Anu Egbejimi, Manvir Kaur, Collins Onyenaka, Tolulope Adebusuyi, Omonike A. Olaleye. 盐酸氨溴索和溴克辛对SARS-CoV-2刺突蛋白与人血管紧张素转换酶-2分子相互作用的抑制机制. April 2022. 分子图形学与建模杂志.108201. http://doi.org/10.1016/j.jmgm.2022.108201.
  4. Idowu A. Kehinde, Anu Egbeyemi, Manvir Kaur, Collins Onyenaka, Tolulope Adebusuyi, Omonike A. Olaleye (2022). 氯喹诺及其衍生物对人血管紧张素转换酶-2外肽酶位点和SARS-CoV-2病毒刺突蛋白受体结合域的抑制机制. J. Biomol. Str. Dyn.

 

Staff

Kehinde Idowu博士.D., Director

研究助理教授, 传染病药物发现实验室(IDDD实验室), 药学与健康科学学院
电话:713-313-5643

电子邮件:kehinde.idowu@slntw.net
斯科特·威德曼博士.D.，研究科学家

传染病药物发现实验室(IDDD实验室), 生物医学和少数民族健康研究中心, 药学与健康科学学院
电话:713-313-5641

电子邮件:斯科特.widmann@slntw.net
塞西莉亚托雷斯

流行病学研究科学家

电子邮件:塞西莉亚.torres@slntw.net
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